由于屋顶花园的土层较浅，排水迅速，而储水能力较低，就需要提供一个能够对整个种植表面提供水分的灌溉系统。灌溉的方式主要有以下两种：

一、是采用地下的灌溉系统，向种植区的上方喷水；

二、是有选择地安装滴灌设备，为每株灌木、树木以及足够大的植物输送水分。在草坪和种植区都存在的地方，将喷灌和滴灌两种方式相结合，可能更为实用。

    两种灌溉系统各有优劣。对于高架的喷灌设备来说，很难控制所喷洒的范围，往往将水喷洒在不需要灌溉的种植区。